dbPAF Protein Information
Tag | Content | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
dbPAF ID | dbPAF-0005427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Uniprot Accession | P10964; RPA1_YEAST; D6W336; Q99330; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank Protein ID | NP_014986.3; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank Nucleotide ID | NM_001183761.3; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Synonyms/Alias | DNA-directed RNA polymerase I 190 kDa polypeptide;A190;DNA-directed RNA polymerase I largest subunit; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | RPA190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Synonyms/Alias | RPA1;RRN1;YOR341W;O6276; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)(Baker's yeast) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI Taxa ID | 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Functional Description (View all) |
DNA-dependent RNA polymerases catalyze the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates. Component of RNA polymerase I (Pol I) which synthesizes ribosomal RNA precursors. Besides, RNA polymerase I has intrinsic RNA cleavage activity. RPA190 and RPA135 both contribute to the polymerase catalytic activity and together form the Pol I active center. In addition, subunit RPA12 contributes a catalytic zinc ribbon that is required for RNA cleavage by Pol I. A single stranded DNA template strand of the promoter is positioned within the central active site cleft of Pol I. A bridging helix emanates from RPA190 and crosses the cleft near the catalytic site and is thought to promote translocation of Pol I by acting as a ratchet that moves the RNA-DNA hybrid through the active site by switching from straight to bent conformations at each step of nucleotide addition. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phosphorylation Sites |
dbPAF PTMs: 21 (View all)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (Fasta) | MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN 60 LCSTCGLDEK FCPGHQGHIE LPVPCYNPLF FNQLYIYLRA SCLFCHHFRL KSVEVHRYAC 120 KLRLLQYGLI DESYKLDEIT LGSLNSSMYT DDEAIEDNED EMDGEGSKQS KDISSTLLNE 180 LKSKRSEYVD MAIAKALSDG RTTERGSFTA TVNDERKKLV HEFHKKLLSR GKCDNCGMFS 240 PKFRKDGFTK IFETALNEKQ ITNNRVKGFI RQDMIKKQKQ AKKLDGSNEA SANDEESFDV 300 GRNPTTRPKT GSTYILSTEV KNILDTVFRK EQCVLQYVFH SRPNLSRKLV KADSFFMDVL 360 VVPPTRFRLP SKLGEEVHEN SQNQLLSKVL TTSLLIRDLN DDLSKLQKDK VSLEDRRVIF 420 SRLMNAFVTI QNDVNAFIDS TKAQGRTSGK VPIPGVKQAL EKKEGLFRKH MMGKRVNYAA 480 RSVISPDPNI ETNEIGVPPV FAVKLTYPEP VTAYNIAELR QAVINGPDKW PGATQIQNED 540 GSLVSLIGMS VEQRKALANQ LLTPSSNVST HTLNKKVYRH IKNRDVVLMN RQPTLHKASM 600 MGHKVRVLPN EKTLRLHYAN TGAYNADFDG DEMNMHFPQN ENARAEALNL ANTDSQYLTP 660 TSGSPVRGLI QDHISAGVWL TSKDSFFTRE QYQQYIYGCI RPEDGHTTRS KIVTLPPTIF 720 KPYPLWTGKQ IITTVLLNVT PPDMPGINLI SKNKIKNEYW GKGSLENEVL FKDGALLCGI 780 LDKSQYGASK YGIVHSLHEV YGPEVAAKVL SVLGRLFTNY ITATAFTCGM DDLRLTAEGN 840 KWRTDILKTS VDTGREAAAE VTNLDKDTPA DDPELLKRLQ EILRDNNKSG ILDAVTSSKV 900 NAITSQVVSK CVPDGTMKKF PCNSMQAMAL SGAKGSNVNV SQIMCLLGQQ ALEGRRVPVM 960 VSGKTLPSFK PYETDAMAGG YVKGRFYSGI KPQEYYFHCM AGREGLIDTA VKTSRSGYLQ 1020 RCLTKQLEGV HVSYDNSIRD ADGTLVQFMY GGDAIDITKE SHMTQFEFCL DNYYALLKKY 1080 NPSALIEHLD VESALKYSKK TLKYRKKHSK EPHYKQSVKY DPVLAKYNPA KYLGSVSENF 1140 QDKLESFLDK NSKLFKSSDG VNEKKFRALM QLKYMRSLIN PGEAVGIIAS QSVGEPSTQM 1200 TLNTFHFAGH GAANVTLGIP RLREIVMTAS AAIKTPQMTL PIWNDVSDEQ ADTFCKSISK 1260 VLLSEVIDKV IVTETTGTSN TAGGNAARSY VIHMRFFDNN EYSEEYDVSK EELQNVISNQ 1320 FIHLLEAAIV KEIKKQKRTT GPDIGVAVPR LQTDVANSSS NSKRLEEDND EEQSHKKTKQ 1380 AVSYDEPDED EIETMREAEK SSDEEGIDSD KESDSDSEDE DVDMNEQINK SIVEANNNMN 1440 KVQRDRQSAI ISHHRFITKY NFDDESGKWC EFKLELAADT EKLLMVNIVE EICRKSIIRQ 1500 IPHIDRCVHP EPENGKRVLV TEGVNFQAMW DQEAFIDVDG ITSNDVAAVL KTYGVEAARN 1560 TIVNEINNVF SRYAISVSFR HLDLIADMMT RQGTYLAFNR QGMETSTSSF MKMSYETTCQ 1620 FLTKAVLDNE REQLDSPSAR IVVGKLNNVG TGSFDVLAKV PNAA 1665 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keyword | KW-0002--3D-structure |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interpro | IPR015699--DNA-dir_RNA_pol1_lsu |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROSITE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pfam | PF04997--RNA_pol_Rpb1_1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | GO:0005736--C:DNA-directed RNA polymerase I complex |