dbPAF Protein Information
Tag | Content | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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dbPAF ID | dbPAF-0000052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Uniprot Accession | O00267; SPT5H_HUMAN; O43279; Q59G52; Q99639; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank Protein ID | NP_001104490.1; NP_001124296.1; NP_001124297.1; NP_003160.2; XP_005259240.1; XP_006723400.1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank Nucleotide ID | NM_001111020.2; NM_001130824.1; NM_001130825.1; NM_003169.3; XM_005259183.1; XM_006723337.1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | Transcription elongation factor SPT5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Synonyms/Alias | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | SUPT5H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Synonyms/Alias | SPT5;SPT5H; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism | Homo sapiens(Human) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI Taxa ID | 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Functional Description (View all) |
Component of the DRB sensitivity-inducing factor complex (DSIF complex), which regulates mRNA processing and transcription elongation by RNA polymerase II. DSIF positively regulates mRNA capping by stimulating the mRNA guanylyltransferase activity of RNGTT/CAP1A. DSIF also acts cooperatively with the negative elongation factor complex (NELF complex) to enhance transcriptional pausing at sites proximal to the promoter. Transcriptional pausing may facilitate the assembly of an elongation competent RNA polymerase II complex. DSIF and NELF promote pausing by inhibition of the transcription elongation factor TFIIS/S-II. TFIIS/S-II binds to RNA polymerase II at transcription pause sites and stimulates the weak intrinsic nuclease activity of the enzyme. Cleavage of blocked transcripts by RNA polymerase II promotes the resumption of transcription from the new 3' terminus and may allow repeated attempts at transcription through natural pause sites. DSIF can also positively regulate transcriptional elongation and is required for the efficient activation of transcriptional elongation by the HIV-1 nuclear transcriptional activator, Tat. DSIF acts to suppress transcriptional pausing in transcripts derived from the HIV-1 LTR and blocks premature release of HIV-1 transcripts at terminator sequences. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phosphorylation Sites |
dbPAF PTMs: 62 (View all)
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Sequence (Fasta) | MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE 60 EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDED QWEDGAEDIL EKEEIEASNI DNVVLDEDRS 120 GARRLQNLWR DQREEELGEY YMKKYAKSSV GETVYGGSDE LSDDITQQQL LPGVKDPNLW 180 TVKCKIGEER ATAISLMRKF IAYQFTDTPL QIKSVVAPEH VKGYIYVEAY KQTHVKQAIE 240 GVGNLRLGYW NQQMVPIKEM TDVLKVVKEV ANLKPKSWVR LKRGIYKDDI AQVDYVEPSQ 300 NTISLKMIPR IDYDRIKARM SLKDWFAKRK KFKRPPQRLF DAEKIRSLGG DVASDGDFLI 360 FEGNRYSRKG FLFKSFAMSA VITEGVKPTL SELEKFEDQP EGIDLEVVTE STGKEREHNF 420 QPGDNVEVCE GELINLQGKI LSVDGNKITI MPKHEDLKDM LEFPAQELRK YFKMGDHVKV 480 IAGRFEGDTG LIVRVEENFV ILFSDLTMHE LKVLPRDLQL CSETASGVDV GGQHEWGELV 540 QLDPQTVGVI VRLERETFQV LNMYGKVVTV RHQAVTRKKD NRFAVALDSE QNNIHVKDIV 600 KVIDGPHSGR EGEIRHLFRS FAFLHCKKLV ENGGMFVCKT RHLVLAGGSK PRDVTNFTVG 660 GFAPMSPRIS SPMHPSAGGQ RGGFGSPGGG SGGMSRGRGR RDNELIGQTV RISQGPYKGY 720 IGVVKDATES TARVELHSTC QTISVDRQRL TTVGSRRPGG MTSTYGRTPM YGSQTPMYGS 780 GSRTPMYGSQ TPLQDGSRTP HYGSQTPLHD GSRTPAQSGA WDPNNPNTPS RAEEEYEYAF 840 DDEPTPSPQA YGGTPNPQTP GYPDPSSPQV NPQYNPQTPG TPAMYNTDQF SPYAAPSPQG 900 SYQPSPSPQS YHQVAPSPAG YQNTHSPASY HPTPSPMAYQ ASPSPSPVGY SPMTPGAPSP 960 GGYNPHTPGS GIEQNSSDWV TTDIQVKVRD TYLDTQVVGQ TGVIRSVTGG MCSVYLKDSE 1020 KVVSISSEHL EPITPTKNNK VKVILGEDRE ATGVLLSIDG EDGIVRMDLD EQLKILNLRF 1080 LGKLLEA 1088 |
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Keyword | KW-0002--3D-structure |
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Interpro | IPR005824--KOW |
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PROSITE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pfam | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | GO:0032044--C:DSIF complex |